石墨舟清洗機首要設備分為4個清洗槽，2個內槽為酸洗槽，2個外槽為水洗沖洗槽。機器內部裝有2套機械手，用于將石墨舟在不同槽之間移動。整機的前后裝都開有可上下移動的有防護阻隔門，阻隔門選用通明PVC板制成。
作業原理為：
     用酸溶蝕石墨舟表面的雜質。其間先用酸洗槽酸洗，再用水洗槽水洗，洗去表面的酸和殘留物。估測運用的酸為鹽酸，因為鹽酸能溶解大多數離子和雜質，但不會是硝酸，因為硝酸具有強氧化性，能溶解含碳物質，若用硝酸酸洗，那么石墨舟也會遭到蝕損。

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